Ve druhé etapě pokračovaly stavební práce, zejména realizací inženýrských sítí a celkovou přípravou pro umístnění přístrojů. Tato etapa byla ukončena v srpnu 2010.
V této fázi projektu bylo rovněž realizováno výběrové řízení na přístroj „Modul pro stabilizaci polohy stolku mikroskopu v ose z„. Modul byl nakoupen od společnosti, která podala ekonomicky nejvýhodnější nabídku. Modul byl nainstalován u konfokálního mikroskopu a dne 9.11.2010 proběhlo první školení uživatele konfokálního mikroskopu. Následně bude realizován povinně volitelný předmět pro studenty 1.LF UK kurz konfokální mikroskopie pod vedením MUDr.Sikory, kde se budou studenti učit pracovat s touto technologií.